Le microbiote, un milieu complexe qui nous habite.

Qu’est-ce que le microbiote ? Sommes-nous réellement composés de plus de bactéries que de cellules ? Notre flore intestinale se détériore, notre santé avec. Les chercheurs peuvent-ils sauver cet écosystème interne en dégradation ?

Introduction

Pour ce dernier article¹, j’ai voulu trouver un sujet qui permet tout de même de se changer les idées durant cette pandémie. J’ai donc ressorti mes notes d’une émission radiophonique à laquelle j’avais assisté en direct. Pour appuyer mon propos, je vais reprendre ce que j’ai retenu de l’intervention d’Alexis Zimmer. Il est chercheur STS, originaire de philosophie et de biologie. Il a travaillé avec une équipe de chercheurs sur ce que sont les microbiotes intestinaux, et leur méthode pour les sauvegarder aujourd’hui. Je m’interroge sur la place du politique, de la morale collective et individuelle, de responsabilités, de la viabilité économique et scientifique de toute activité présentée comme de recherche. En effet, l’activité scientifique mérite parfois qu’on la remette en question, car elle s’ancre dans un contexte et des contraintes qui limitent les possibilités, voire poussent à des absurdités. Pour quoi, pour qui, comment ? Pourquoi, dans quel but ?

Qu’est-ce que le microbiote ?

Tout d’abord, A. Zimmer explique que l’ontologie même du terme microbiote est floue. La recherche se penche actuellement sur les interactions entre le corps et l’environnement. Le microbiote intestinal, ou flore intestinale, possède une écologie qui lui est propre. Un aspect surprenant, qui interroge la notion même de notre corps, est que notre génome est principalement bactérien, c’est-à-dire que la majorité du génome que l’on porte n’est pas créé directement par nous. Bien sûr, que sommes-nous ? On compte environ deux fois plus de micro-organismes dans notre tube digestif que de cellules qui nous composent. Notre flore intestinale peut être considérée comme un être symbiotique qui cohabite notre corps. Les microbes sont aujourd’hui évoqués comme facteurs, voire responsables, de notre goût, notre odorat, notre comportement, notre digestion, notre immunité, même notre inconscient.

« L’homme est donc un ” hybride mammifère-microbe “, un ” super-organisme “, notre microbiote excédant respectivement d’un facteur 10 en nombre de cellules et 150 en nombre de gènes le nombre de cellules somatiques et germinales composant notre corps et le nombre de gènes actifs composant notre génome. »

Philippe Sansonetti, médecin et chercheur en microbiologie

La dégradation des microbiotes occidentaux, un problème de société ?

Notre microbiote intestinal, dont l’étude est très à la mode aujourd’hui, est envisagé comme impliqué dans de nombreuses pathologies physiques et mentales s’il dysfonctionne. De plus, les chercheurs ont remarqué qu’il s’appauvrit dans nos sociétés occidentales, sans doute à cause d’une alimentation peu variée, et de l’environnement urbain en général. 

Ces découvertes encore en cours placent les microbes comme une nouvelle frontière de la médecine. L’unicité des corps est remise en question, le corps n’est pas universel, et n’est pas entièrement nôtre. Il est difficile de ne pas considérer ces êtres vivants qui nous habitent comme nous-mêmes, étant donné notre dépendance à eux, et les interactions nombreuses, les effets qu’ils ont sur nous et que nous avons sur eux. Les microbiotes urbains sont donc plus pauvres, et montrent que le corps est situé, que son environnement joue sur son fonctionnement. Cet appauvrissement pourrait notamment expliquer certaines maladies chroniques, dû au dérèglement écologique interne de nos microbiotes. C’est une sorte d’effondrement de la biodiversité intestinale. Notre corps est un écosystème fragile, ou en tout cas sensible.

Une piste pour résoudre ce problème ?

Son équipe de recherche s’est rendu compte que des microbiotes intestinaux très riches, en quelque sorte en excellente santé, survivent néanmoins chez ceux que l’on nomme «chasseurs – cueilleurs». Face à cela, la mission consacrée pour ces chercheurs consiste à sauvegarder ces merveilleux microbiotes, à les collecter partout autour du monde et à les congeler, les rapatrier, les stocker et les étudier. Cela dans l’espoir de mieux les comprendre et pouvoir en faire quelque chose un jour. Alexis Zimmer parle également durant l’émission de la question coloniale lié à ce genre de termes et de pratiques.

https://soundcloud.com/user-541377991/conference-debat-par-alexis-zimmer

Le paradoxe de la prophétie autoréalisatrice

Ce qu’Alexis Zimmer explique, c’est que les chercheurs sont dans une contradiction. En effet, ils cherchent à sauver les microbiotes en récoltant des selles. Cela notamment car ils posent un postulat de la disparition inéluctable de cette diversité, qui pourrait être remis en question. Les scientifiques imaginent que le progrès permettra de faire quelque chose de cette sauvegarde, de cette collecte, et que ce travail aura été utile, mais ils ne le savent pas. Alexis Zimmer propose d’interroger cette « biologie du sauvetage », qui consiste à assister à un effondrement de la diversité, et à collecter les perles rares pour les garder, plutôt que de les protéger dans leur milieu. En revanche, la collecte a un effet réel sur les microbiotes. En effet, pour ne pas avoir de risque de contaminer ces populations qui vivent éloignées de notre société, les chercheurs leur donnent des antibiotiques pour qu’ils ne tombent pas malades. Ce faisant, après avoir collecté leurs selles pour les conserver, ils détruisent involontairement leurs microbiotes pour les protéger de leur propre visite. Alexis Zimmer explique que c’est absolument incroyable de détruire ainsi ce que l’on cherche à sauver. Il explique que les chercheurs ne se posent pas vraiment cette question, puisque le cours des choses dans ce sens est pour eux inéluctable. Plutôt que de tenter d’agir dans le présent pour limiter la destruction des microbiotes, les chercheurs, soucieux de le sauvegarder, les détruisent méthodiquement. On voit là un paradoxe dans le travail du chercheur, qui considère pratiquement le présent comme du passé et le futur comme certain. 

Conclusion

Il est certain que la science est anthropocentrée, et le sera sans doute toujours, ce qui est cohérent. En revanche, il serait donc de bon ton pour la communauté scientifique de faire preuve d’humilité et de réaliser que tout n’est pas possible par la science, que l’homme pour l’instant ne sait pas si bien que ça définir les limites de son propre corps. Rabelais disait : «Science sans conscience n’est que ruine de l’âme ». Je ne connais pas ces chercheurs, et je ne sais pas quelle est leur réflexion personnelle sur le sujet. Cependant, je trouve étonnant que l’aboutissement de leur inquiétude face à l’appauvrissement de nos microbiotes occidentaux aboutisse à une collecte pour d’hypothétiques solutions futures, au prix de la dégradation des microbiotes sains qu’ils trouvent. En un sens, c’est assez ironique que les personnes les plus au fait de l’importance des microbiotes et de leur diversité peuvent sembler agir à l’encontre de leur but de préservation et sauvegarde. 

Sources

Rencontre avec Alexis Zimmer : Microbiotes intestinaux et biologie du sauvetage
animée par Jérémy Damian : https://soundcloud.com/user-541377991/conference-debat-par-alexis-zimmer

Pour en savoir plus sur le microbiote :

• Burcelin Rémy, « Microbiote intestinal (flore intestinale) : Une piste sérieuse pour comprendre l’origine de nombreuses maladies », INSERM, 2016.
• Cryan John, « Notre intestin, cet organe qui sait tout de nous », Courrier International, 2020
• Fond Guillaume, Chevalier Grégoire, « Explorer le rôle du microbiote intestinal dans le déclenchement et le maintien des troubles psychiatriques majeurs », L’information psychiatrique, 2016/10 (Volume 93), p. 815-823.
• Sansonetti Philippe, « Microbiologie et maladies infectieuses », L’annuaire du Collège de France, 2015
• Sansonetti Philippe, « La relation hôte-microbiote : une insondable symbiose  ? », La lettre du collège de France, 2011.

1. dans le cadre de l’UE Blog Sciences en société, donnant lieu à l’écriture de trois billets par les étudiant.es du Master, au cours du second semestre de la première année de Master [↩]

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